A arquitetura utilizada no desenvolvimento do Meddix foi Matriz-Filial, e dessa maneira ficou mais fácil administrar várias filiais geográficamente distantes; só é necessário que exista uma ligação via web, por exemplo, entre elas. E mesmo assim, se por alguma razão houver perda dessa ligação, ou se não existir uma ligação permanente, o Meddix foi concebido de maneira que logo que é detectado o restabelecimento da comunicação, o sistema faz a troca de arquivos entre Matriz e Filial. Toda a troca de arquivos é feita automaticamente, sem que seja necessário qualquer tipo de intervenção do usuário.

Na Filial, ficam as informações referentes ao caixa, acompanhamento de requisições, produção de fórmulas e na Matriz ficam os cadastros, as informações e relatórios administrativos. Alguns cadastros, como clientes e médicos, podem ser feitos também na filial.

A área de cadastro inclui o cadastramento de clientes, médicos, empresas, fornecedores, produtos, etiquetas, requisições e administração. Quase tudo é configurável no Meddix, através dos cadastros.

O cadastramento dos produtos no Meddix é uma das ferramentas mais poderosas e completas do sistema, justamente para facilitar a operação, eliminando ao máximo, possíveis erros e permitindo o acompanhamento e a comparação de desempenho entre as lojas da rede, em tempo real.

Esses cadastros permitem agilidade no atendimento ao cliente, e facilitam a conferência por parte do farmacêutico, das fórmulas, e ainda agiliza o trabalho no laboratório e no controle de qualidade.

O Meddix foi desenvolvido para dar total segurança e confiabilidade na produção de fórmulas, e assim ter um produto pronto em um menor espaço de tempo, com menos desperdício, e a segurança, rapidez e satisfação que o cliente exige.

Poder visualizar e ter informações financeiras, gerenciais, de vendas e de produção das filiais instantaneamente; esta função, permite ao administrador de uma farmácia, poder tomar decisões e estabelecer ações a serem seguidas, de uma maneira mais ágil e mais certeira. Um exemplo dessa funcionalidade; o departamento de compras saberá a quantia em estoque de todos os produtos e de todas as filiais, e com estas informações poderá decidir entre fazer uma compra em grande quantidade para distribuir entre as filiais e obter um preço unitário menor, ou apenas fazer transferências entre as filiais.