Quando o laboratório recebe a ordem de produção, o lote da matéria prima a ser utilizado já está reservado no sistema, e quando da pesagem, o sistema procede a baixa do produto no estoque.

O operador deverá simplesmente fazer a leitura com o código de barras da matéria prima, fazer a pesagem, processar o encapsulamento, e o acondicionamento na embalagem.

O farmacêutico terá acesso às seguintes informações;sobre uso de sinônimos, observações para manipulação, descrição de manipulação para produtos derivados de fórmula padrão aberta, indicação de diluição, fator de correção e fator de equivalência dos componentes, informação sobre dobra (meia dose), e observações feitas na requisição.

O controle do andamento da manipulação de cada fórmula é feito por status (Triagem, Pesagem, Encapsulamento/Manipulação, Pré-conferência, Controle de qualidade e Pronta); com isso sabemos a cada instante, em qual parte do processo de manipulação, a fórmula se encontra.

No controle de qualidade é feita a emissão do rótulo com todas as informações necessárias para o usuário, e orientação ao operador sobre a necessidade de colocação de tarjas (vermelha, preta, etc), entre outras.

Também faz parte do laboratório, o controle de solicitações de produção de produtos acabados e semi-acabados, com isso o farmacêutico pode solicitar, produzir e estocar produtos. Este processo de produção, permite a impressão da ficha de pesagem, criação de novo lote do produto produzido e respectiva estocagem.

O farmacêutico pode receber a ordem de manipulação eletronicamente, ou através da impressão da ficha de produção. Ele verifica a fórmula, e o sistema indica as interações medicamentosas, e alerta a super dosagem.

Em uma das configurações do sistema pode-se escolher entre usar o fator de correção do cadastro do produto ou pode-se usar o fator de correção do lote que será usado na pesagem e manipulação das fórmulas. Também pode-se escolher entre usar a densidade do cadastro do produto ou a densidade do lote que será usado.